Forside
Velkommen til PRRSV.dk
Dette er en hjemmeside, som viser danske PRRSV ORF5 sekvenser i fylogenetiske træer. Hvis du har indsendt en prøve til sekventering vil du på denne hjemmeside kunne bruge sagsnummeret til at fremsøge netop din sekvens i de fylogenetiske træer. Du kan hermed se, hvor tæt beslægtet din sekvens er med andre danske og udenlandske PRRSV sekvenser, samt PRRSV vaccinestammer.
Siden det store PRRSV-1 udbrud i sommeren 2019 har fokus på PRRSV og dennes diversitet fået et øget fokus. Dette fokus har resulteret i en stor stigning i antallet af PRRSV sekventeringer. Den øgede mængde af PRRSV sekvenser har vist, at der i Danmark er en stor genetisk diversitet indenfor PRRSV-1, mens vi for PRRSV-2 stadigvæk ser en stor lighed til det virus der er i Boehringers vaccine (VR2332 stammen). Alle danske PRRSV-1 og PRRSV-2 ORF5 sekvenser sekventeret siden hhv. 1992 og 1996 er inkluderet i de fylogenetiske træer sammen med relevante udenlandske ORF5 sekvenser og vaccinestammer.
De fylogenetiske træer vil løbende blive opdateret med PRRSV ORF5 sekvenser som bliver sekventeret på Københavns Universitet, enten via bestilling eller i forskningsprojekter.
Er du interesseret i at få PRRSV positive prøver sekventeret?
Københavns Universitet tilbyder gratis PRRSV sekventering i forbindelse med et Svineafgiftsfonds projekt. Hvis prøvemateriale er testet positiv for PRRSV på enten SSI eller Veterinært Laboratorium, Kjellerup kan vi arrangere udlevering af materiale til sekventering. Ønskes dette tilbud kontakt dermed laboratoriet, hvor prøven er testet, eller kontakt virologi-gruppen på KU direkte via e-mail: viradiagnostik@sund.ku.dk eller telefon 35327222.
For yderligere spørgsmål kontakt:
Adjunkt Nicole Bakkegård Goecke, Københavns Universitet, e-mail: nbgo@sund.ku.dk
Professor Lars E. Larsen, Københavns Universitet, e-mail: lael@sund.ku.dk
Ideen bag hjemmesiden er opstået som et samarbejde mellem Københavns Universitet og SEGES Innovation P/S og er finansieret af Svineafgiftsfonden (SAF).
Kodningen bag hjemmesiden er lavet af Postdoc Michael Zeller, Iowa State University, USA.
Clusters og Lineages
PRRSV i Danmark
Porcint Reproduktion og Respiratorisk Syndrom virus er en lille kappeklædt RNA virus på omkring 15.000 nukleotider. PRRSV tilhører Arteriviridae familien og slægten Betaarterivirus. PRRSV er inddelt i to arter Betaarterivirus Suid 1 (PRRSV-1) og Betaarterivirus Suid 2 (PRRSV-2). De to arter er meget forskellige og deler kun omkring 60% nukleotid identitet.
PRRSV-1 var første gang detekteret i Danmark i 1992 og PRRSV-2 blev introduceret i 1996 efter brugen af en PRRSV-2 MLV vaccine.
Siden den første detektion har PRRSV været endemisk i Danmark.
Hvordan læses et fylogenetisk træ
Et fylogenetisk træ kan give et godt overblik over, hvor en given PRRSV virussekvens hører til.
Ligheden mellem to sekvenser i et fylogenetisk træ afhænger af længderne af de vandrette grene. Dvs. jo kortere afstanden af de vandrette grene er mellem to sekvenser i det fylogenetiske træ jo mere ens er de.
Når vi sender et laboratoriesvar med en sekvensanalyse ud til vores kunder vil der være angivet en procent lighed til en vaccinestamme. Denne procent lighed beregnes ud fra hvor mange nukleotider på samme position mellem prøven og vaccinestammen de to sekvenser deler. F.eks. vil en PRRSV-1 prøves lighed på 98% til en vaccinestamme betyde at der er 594 nukleotid positioner i ORF5, som er ens. For PRRSV-1 er ORF5 606 nukleotider langt, så i dette eksempel er der 12 nukleotid positioner som er forskellige.
PRRSV-2 ORF5 er 603 nukleotider langt og en lighed på 98% til en vaccinestamme vil så svare til at de to sekvenser har 591 nukleotid positioner i ORF5, som er ens.
To ORF5 sekvenser kan begge være 98% identiske til den samme vaccinestamme, men indbyderes kan de både være mere identiske til hinanden eller mere forskellige. Dette afhænger af hvor deres mutationer ligger. De to sekvenser kan dele nogle af de samme mutationer som gør dem forskellige fra vaccinestammen, men de kan også have deres egne unikke mutationer som gør de to sekvenser mere forskellige til hinanden.
Det er i sådanne tilfælde et fylogenetisk træ kan give et overblik af sammenhængen mellem sekvenser.
Subtyper, clusters og lineages
PRRSV stammer kan inddeles i subtyper, clusters og lineages, som kan give et hurtigt overblik over hvor en bestemt virussekvens ligger i det fylogenetiske træ.
PRRSV-1 er inddelt i 3 subtyper; subtype 1, subtype 2 og subtype 3. I Danmark og central Europa er kun subtype 1 virus detekteret. Subtype 2 og subtype 3 er indtil videre kun detekteret i lande øst for Polen, så som Rusland og Belarus.
Indenfor PRRSV-1 subtype 1 er der en stor genetisk diversitet. Denne diversitet kan beskrives ved at inddele sekventerede virus i clustre alt efter hvor en given virus er lokaliseret i det fylogenetiske træ.
Den indbyrdes diversitet af danske PRRSV-1 ORF5 sekvenser er optil 20%.
PRRSV-2 kan inddeles i 9 lineages. I Danmark og central Europa tilhører PRRSV-2 lineage 5, som er den lineage, hvor vaccinestammen VR2332 brugt i Ingelvac MLV vaccinen også tilhører.
Den indbyrdes diversitet af danske PRRSV-2 sekvenser er optil 10%.
PRRSV-1: Nedenfor er beskrivelser af de forskellige PRRSV-1 clustre.
Porcilis_like cluster:
Dette cluster indeholder virussekvenser som højst sandsynligt stammer fra vaccinestammen DV brugt i Porcilis PRRS MLV (MT311646). Virussekvenser allokeret til dette cluster, er dels virus der er påvist umiddelbart efter vaccination og dels virus der ved passage gennem flere grise, indeholder mutationer der gør at de ikke længere er 100% identiske med vaccinestammen. Mutationshastigheden afhænger af en lang række faktorer og vil derfor være forskellig fra besætning til besætning, men som tommelfingerregel så er det sådan at jo flere forskelle, der er til DV stammen, jo længere tid siden er det at virus ”er kommet ud fa flasken”.
Horsens-like cluster:
Dette cluster indeholder PRRSV-1 ORF5 sekvenser som højst sandsynligt stammer fra den rekombinante virusstamme, Horsens stammen (MN603982), som forårsagede det store udbrud af PRRSV-1 i Danmark i 2019.
Horsensstammen opstod ved en rekombination mellem de to vaccinestammer 96V198 (Suvaxyn PRRS, LQ787782) og Amervac (Unistrain PRRS, GU067771) i ORF3. Den del af PRRSV genomet hvor ORF5 ligger kom fra Amervac, hvilket betyder at der er meget stor genetisk lighed mellem Horsens-like virus og Amervac i ORF5. Under rekombinationen, eller kort tid efter, opstod der nogle unikke mutationer i ORF5 Horsens stammen som gør det muligt at se forskel på Horsens-like virus og Unistrain-like virus, idet Horsens-like virus danner sit eget cluster i det fylogenetiske træ. Men for at være helt sikker på at det er en Horsens-like virus vi har sekventeret, har vi siden udbruddet i 2019, indført sekventering af både partiel ORF2 og ORF5 for alle PRRSV-1 prøver. ORF2 sekvensen i en Horsens-like virus, vil have en stor genetisk lighed med 96V198 vaccinestammen brugt i Suvaxyn PRRS.
Old-Danish-like cluster:
Dette cluster indeholder de allerførste PRRSV-1 virus sekventeret i Danmark, inklusiv den allerførste detektion af PRRSV i 1992, DK-1992-PRRS-111-92 (KC862566). Det er sjældent, at vi sekventerer nye prøver som tilhører dette cluster, men fra tid til anden sker det og senest var i en sag fra 2021.
Unistrain-like cluster:
Dette cluster indeholder virus som højst sandsynligt stammer fra vaccinestammen Amervac brugt i Unistrain PRRS MLV vaccinen.
Suvaxyn-like cluster:
Dette cluster indeholder virus som højst sandsynligt stammer fra vaccinestammen 96V198 brugt i Suvaxyn PRRS MLV vaccinen.
Undefined-cluster:
Betegnelsen ’cluster’ er måske ikke helt retvisende for de virus der er allokeret til at tilhøre et udefineret cluster. Men disse virussekvenser passer ikke ind i de andre clustre, men er placeret forskellige steder i den fylogenetiske træ.